Il manga è stato pubblicato sulla rivista Ribon a partire del 1992, successivamente la serie è stata serializzata in 8 tankobon (volumetti). Il manga risulta molto simile all'anime nella prima parte, poi le differenze si fanno sempre più marcate; molte parti non esistono (ad esempio la parte in cui Yuu è in america) poiché si era voluto concludere il manga e l'anime in contemporanea in modo che l'anime non svelasse il finale prima che l'autrice lo disegnasse. Nel manga in molte pagine vi sono disegni dell'autrice che nei volumetti sostituivano le pubblicità della rivista Ribon, inoltre spesso l'autrice scriveva note e pensieri (detti free talks) a lato pagina oppure delle spiegazioni come fa sul tennis in occasione della partita di Ginta e Yuu contro Tsutomu. Nell'ultimo volume l'autrice ha scritto un paio di capitoli extra intitolati "L'altro Marmalade" I e II in cui viene spiegata la prima idea di Marmalade Boy in cui tutti i personaggi avevano i sessi invertiti: il protagonista (che sarebbe diventato Miki) era un ragazzo timido e tranquillo che si ritrova a dover convivere con una ragazza molto bella (Yuu) ma dai capelli lunghi ed un po' diavoletta, che non perde l'occasione per infastidirlo, il ragazzo ha un amico di infanzia (Meiko) e una specie di ex-fidanzata (Ginta); è per questo motivo che il manga è intitolato "marmalade BOY", perché inizialmente il protagonista del manga è un ragazzo, però l'editore della rivista Ribon, visto che la rivista era letta quasi esclusivamente da ragazze, impose all'autrice di cambiare il sesso al protagonista e la storia si è trasformata in quella che è stata poi pubblicata; il titolo è rimasto lo stesso, abbinandolo in modo un po' forzato a Yuu.

In Italia il manga è stato pubblicato dalla Planet Manga in sedici volumi a partire dal settembre 1998 e successivamente in 8 volumetti "collection"; il manga, nella versione italiana, è stato ribaltato in modo che si leggesse "all'occidentale", ovvero da sinistra a destra.